曹操跟曹丕谈判, 说只要他杀了司马懿，除掉这个狼子野心之人，那么, 世子之位就还是他的。曹丕不同意, 认为曹操这是故意让他自断左膀右臂。这些年下来, 司马懿给他献了无数计策，不仅讨得曹操的欢心, 巩固世子之位，而且也让曹丕离不开他了。
曹操大骂这个儿子没有丝毫孝悌之心, 说当年曹冲也是给他害死的。
曹丕被说中却死不承认。
曹操说他早就知道此事，只是一直没有揭穿他而已。曹丕在最后时刻仍然忤逆曹操，使曹操含恨而终，或者说曹操是被曹丕活活气死的。
甄宓虽然旁观了此事，却是一介女流, 与曹丕对上她毫无还手之力。
曹操察觉到司马懿狼子野心之后，曾让夏侯渊带兵去杀了他，可惜被他先一步逃走。曹操还派人叫曹植和曹彰带兵回来，却大限将至，没能等到两个儿子回来，就已经去世了。
看到守城将士全都衣着搞素，曹植和曹彰便知道回来晚了，他们已经兵临城下，曹丕却下令关城门，不能放二弟三弟进城，双方僵持不下。
正在曹植、曹彰决定打进城的时候, 荀彧让人传话过来，说双方兵力悬殊, 而且双方的士兵根本就同出一源，有的是叔伯兄弟，有的是乡里乡亲，士兵们根本没有拿起长矛互相打仗之心，所以此战端不能开。而如果曹植、曹彰之身，解甲入城又凶险得很，惟今之计，只有不入城而退走，方可以保留实力，又让曹丕在舆论之中落于下风。
曹彰和曹植对荀彧之言十分信服，只有在城外叩拜了先父，带兵扬长而去。倒是让做了充足准备的曹丕措手不及，曹丕本来听了司马懿的献计，要利用甄宓出城去向曹植劝降，可惜并没有用上，他们竟然就走了。
接下来曹丕在司马懿的有意推动之下，逼迫汉献帝退位，改朝换代，自己登上九五之位，迁都洛阳。
登上了皇位的曹丕终于可以大封群臣，也开始着手清算两个不听话的弟弟。不知道是不是出于补偿甄宓的心理，曹丕还特地令郭嬛进宫中居住，与他们一起到了洛阳。定都洛阳没多久，杂事都处理完，曹丕终于露出了他的狐狸尾巴，原来是他一早就看上了郭嬛，想把她收入后宫，只是之前曹操健在的时候，他没好意思提出来要娶甄宓的姐妹。
郭嬛又岂能看上他，别说给她贵妃之位，就是皇后之位她也不稀罕呐。就算曹丕当了皇帝，也没能让郭嬛高看他一眼，反而如此放浪形骸，暴露了他的本性，越加让人不耻。
曹丕很爱效仿他爹，对待女人人的态度上也一样，想玩什么两情相悦，郭嬛暂时还不能和他撕破脸，只能暂时看着他可恶的嘴脸，忍气吞生。因为皇太后要过生日了，曹丕打算借此机会除去曹植和曹彰。
两位公子奉召进京，二公子先到的，偏偏不巧皇太后被皇上打发去了京外的的寺庙上香。
二公子在偏厅等候皇上召见的时候，郭嬛冲进来，打落他拿在手中正要吃的东西，“这枣子不能吃，宫中所有的东西，你都不能吃。”
二公子是为人耿直，但他并不傻，“嬛嬛，你是说这枣子有毒？大哥当真要毒死我，一点儿兄弟之情都不顾念？”
郭嬛说道：“要时你怀疑我骗你，挑拨你们兄弟关系的话，你可以把这些枣子带上给你大哥吃，看他会不会吃。”
曹彰说：“嬛嬛，我并不是怀疑你说的话，只是一时难以接受。”
这个时候，大殿上，曹植也在众臣的见证下，用七步成诗挽回了自己的性命。太后又收到消息及时赶回，曹丕见两个弟弟都毫发无伤，又不能当着母亲的面诛杀二人，只好先放他们离开。日后再另谋他法，不过有了这次之后，恐怕他们就会十分警惕，不知道到何时才有机会下手了。
他得知是郭嬛阻止了二公子吃枣子的时候，便怒气冲冲的找上门来，兴师问罪。
他抓住郭嬛的胳膊：“是你坏了朕真的好事！你好大的胆子！”
郭嬛扬着头说：“皇上所谓的好事就是诸杀亲弟？二公子他骁勇善战，为你们曹魏立下不世战功，就算他要死也应该战死在沙场上，而不是被他的兄长不明不白的毒死在这宫中。”
曹丕不可思议地说：“你还敢教训朕？朕是天子，要谁死谁就得死！”
言下之意，郭嬛坏了他的好事儿，曹丕便对郭嬛动了杀意。不过这种威胁可吓不倒她，郭嬛可不是一个会坐以待毙的人，她孑然一身，大不了一走了之，曹丕如果把她逼急了，那还有可能会鱼死网破。以曹丕道行逆施的所作所为，郭嬛当真觉得应该考虑让这曹魏换一个皇上，不然大家都会不得安宁。
甄宓已经闻声赶来：“皇上！你要对嬛嬛做什么，你快放开她！”
曹丕见到甄宓，不但怒气未消，反而更甚，“皇后你来的正好，你们两个情同姐妹，你们二人又何尝把我这个皇上放在眼里呀？一个公然在大殿之上与三弟眉目传情，一个就打翻了我特地赏给二弟的枣子，根本就是早有预谋！”
曹植和曹彰之所以毫无准备的中了皇上的圈套来到京城，正是因为曹丕无耻的利用甄宓的亲笔书信把曹植招回来的，曹彰和曹植一向形影不离，知道三弟要回来为太后贺寿，自然一同回来。甄宓当天被皇上在太后的面前要求写信给曹植，是不得不为，但是她在信中已经暗藏玄机，只要变化断句的位置，就能看出是完全相反的意思。
本以为以曹植的文才必然能够洞悉信中真意，她并非是让他们回来，而是警告千万不要回来。可惜曹植到了京城之后，才跟甄宓说出，原来在所爱之人离开他之后就带走了他一点灵犀，他再也没有做出过文章。
曹丕早就听说曹植已经文思枯竭，才敢在大殿之上逼他在七步之内成诗，若不能成诗他之前在文坛的美誉便都是欺君之罪。
甄宓在那种的危急关头，忽然想到曹植说过，自己曾经对曹植嫣然一笑，使曹植一见钟情。她在大殿上对曹植含泪笑望，使曹植回忆起曾经种种，曹植开窍，做出了那一首七步诗：“煮豆燃豆萁，豆在釜中泣。本是同根生，相煎何太急。”
没料到两人的对望被司马懿看个正着，过后报给曹丕知道。曹丕本就对这个和他从不是一条心的妻子不满，立刻就借题发挥。更认为甄宓和曹植根本就是旧情难忘，让他这个皇上在大庭广众之下丢脸。
曹丕说：“朕是皇上，想要什么就有什么，这个天下都是朕的。朕现在就册封郭嬛做妃子，今天就洞房。”
郭嬛看他的目光渐冷。
甄宓说：“不要，我求求你放过嬛嬛。”
曹丕说：“求我？当初在我刚入邺城要杀你的时候，你都没有求过我。”
甄宓痛苦地说道：“你已经做错了那么多事，我的一生已经葬送在你身上，我就这么一个妹妹，现在你还要拖嬛嬛下水，你想要什么样的妃子没有，我求你放过嬛嬛吧。”
曹丕说：“你这话是什么意思？好像让她做妃子是让她受了多大委屈。”
郭嬛说：“姐姐，我是不会为妃的，这是他的一厢情愿，有本事你就杀了我呀。”
曹丕说：“你想死，没那么容易！”
曹丕和两人发生激烈的争吵，曹丕甚至还想动起手来，郭嬛把甄宓护在身后，争执之中曹丕突然发病。因为他今天想对郭嬛用强，所以特地将人都遣走，而且让侍卫能听到任何动静都不要过来，却没想到他自己会突然病发。
甄宓以为今天曹丕在圣龙之下会杀了她和嬛嬛，没想到会有这样的转折，惊慌道：“他怎么了？”
郭嬛平静地说：“他犯了肺病，呼吸困难，看来用不了多久他就会断气。”
郭嬛在医药之道上面造诣非常，她能够看出刘姬和曹操的病，自然也看得出曹丕的病。不过之前在司空府上从来没有人提起过大公子患有肺病，可见曹丕一直以来心思深沉，他连身边的所有人都瞒着。就连他的父母、兄弟都不知道他有肺病顽疾。郭轩每次见到他就知道他的病情在一日一日的加重。如果没有这次她戴在身上的香药包的引发，再过几年曹丕也要撑不下去了。
甄宓还是十分相信嬛嬛的医术的，郭嬛说曹丕会断气，她不由得大惊失色：“快去宣太医来。”
郭嬛说：“姐姐，你真的想救活他吗？就这样一个人，不忠不义不孝，你不会忘了曹大人是被他气死的吧，把他救活之后他还会想方设法的对付二公子和三公子，他还会对付你我。”
甄宓：“可是……可是他是皇上啊，如今已经废汉自立，他若是出事了要怎么办？”
甄宓：“曹丕是被司马懿一手扶上了皇位，他自己根本没有主见，只是司马懿的傀儡。曹丞相当初不是也说，司马懿一日不除，那么曹家的天下其实就是相当于落入了司马氏的手里，如果皇帝驾崩，那瑞儿这个太子就是名正言顺的新君了。瑞儿还小，你只要好好教养他，他就会做一个名副其实比曹丕称职一万倍的小皇帝。”
看着曹丕痛苦的神情，郭嬛继续说：“而且皇上这个病就算这一次能度过，日后也会反复发作，他被折磨上个几年，仍然要走到这一天。宓姐，他今天发病这么严重，就算太医来了也会束手无策。只有我制出的药可以缓解他病情，要不要救他，还是你来做决定。”
甄宓知道，如果这个时候救了曹丕，两个人已经在他面前说了这么多，曹丕狭窄的心胸，一定不会放过他们，也许救活了曹丕，她们两个都要死。
甄宓渐渐冷静下来，“想必皇上需要的药物十分难以配置吧。”
郭嬛笑道：“就算姐姐想要，恐怕在在一时三刻之内妹妹也找不齐药材啊。”其实救人的办法她有，只不过也要看对象是谁。
曹丕瞪大着眼睛，呼吸越来越困难，明明听得见她们说的话，要求没有力气动弹。他以为甄宓念着夫妻情分会救他，却忘了他自己从未顾及过夫妻情分。
甄宓没宣太医，也没有再说要郭嬛救曹丕的话。过了一会儿，曹丕果然不动了，他这次肺病发作的尤其厉害，已经咽了气儿。
甄宓说：“皇上驾崩这么大的事，必然引起动荡。子建和子文还没有走远，要不要立刻召回让他们回来操办此事？”
郭嬛说：“皇上驾崩千万不能泄露出去，要等到二公子和三公子他们回到了属地，瑞儿登基为皇之后，再昭告天下。”
甄宓冰雪聪明，她只不过情绪波动太大，一时没有想通。经过郭嬛的提醒也想得明白了。
郭嬛说：“时移世异，防人之心不可无，如果现在就公布出去，有两个手握重兵的皇叔，而瑞儿年纪却幼小，这个皇位由谁坐还不一定呢。虽然我们知道子建是个很念旧的人，但是如果二公子再加上其他宗室辅佐他登基，瑞儿这个前太子的地位会十分尴尬，我们不能赌他们的念旧情，不如等到一切尘埃落定了之后，再召他们回京。”
甄宓的手很冰：“嬛嬛，宓姐现在很乱，有什么想不到的，你要提醒我。”
郭嬛说：“姐姐放心吧，我们要靠自己守住瑞儿的皇位，其他人都不能轻信，让他做一个安安稳稳的小皇帝。我会尽力帮忙，不会让你孤军奋战。”
郭嬛在曹丕死后第一个要对付的就是司马懿，以免他出阴招影响到日后的时局，直接拟了一道圣旨盖上玉玺，将司马家全部抄家。
司马懿做梦都不会想到，本来他们雄心勃勃，打算在日后合适的时机，以司马家代替曹家，他做着这样春秋大梦的时候，就已经身首异处了。
郭嬛放出的密探散布到在各个朝臣家中，朝廷的情况郭轩了如指掌。对朝中的文臣武将或拉拢或打压或合作，很快就将局势稳定了下来。至于曹家宗族，就算他们不甘心让一个小孩做皇帝，曹瑞是名正言顺的太子，父死子继是人之常情。何况郭嬛又用雷霆手段连续镇压了很多人，再也没人敢有异议。
曹丕在位几个月就因病逝世，曹瑞登机为大魏二代君主，皇帝是个孩子不能处理朝政，可是先皇又死的太快，没有指定顾命大臣，甄宓在郭娟的辅助之下作为太后垂帘听政。
就算如此，文臣武将仍然虎视眈眈，还有一众曹家子弟更是想要争权夺利。甄宓需要有力的同盟稳固地位，却不能选择曹植，就算是昔日的爱侣，如今也成了她最忌惮，威胁她儿子皇位的人。皇上曹瑞册封郭嬛为女王，辅佐朝政。就像当年的魏王，现在的吴王一样，王位可以世代相袭。郭嬛早就向甄宓说过无意成亲，在受封女王之后，更是上了一本奏书，说郭女王之位止步于她，不会传给后代。
曹氏的天下掌握在了两个女人手中，一个是女王郭轩，一个是太后甄宓。
等到时局稳定，曹瑞坐稳了皇位之后，才下旨招曹植、曹彰回京。曹植从此留在了京中，一展报复，曹彰领兵在外沙场征战，荀彧，杨修也再次回归朝堂，帮助皇帝统一天下。毕竟就算他们再不想，曹丕也完成了以曹代汉这件事，曹魏也已经经历了二世之君，算上追封的先帝曹操已经是第三世了，汉朝已经不复存。现在最重要的就是是天下一统，百姓少受战乱之苦。
十六年后，曹魏打败蜀，吴，一统天下。曹瑞也在众人的教导之下，成了一个英明神武的合格皇帝。直到剧情结束，郭嬛也游历了九州，一生风光无限，金钱、权柄……想要的东西样样不缺，却总觉得少了什么，她一直没有找到自己想要相伴终生人，便决定离开这个世界。她决定离开的时候，身体就会渐渐虚弱下来。郭嬛记得最后的一个画面就是甄宓在她的床边泣不成声。