不过出于谨慎起见，他并没有将这件事直接堂而皇之说出来，而是背地里悄悄的告诉了刘社，刘社知道后觉得很震惊，在“刘稷”没有察觉的情况下刘社背地里取到了“刘稷”的鲜血，当和自己的鲜血一同注入在水里的时候，发现两滴血完全不能相容。
贾诩为此特地前往洛阳打听司马家的情况，并得到了司马防的次子司马懿此时已在宫中作为二皇子的伴读。这让刘社不禁开始怀疑这件事的原委，因为根据自己所了解的情报来看司马防的确是将一个婴儿交给了三代保护自己的于吉，之后于吉和张角利用自己的儿子掀起了“黄巾之乱”，刘备攻陷广宗后得到了“刘稷”，自己一直暗中跟踪并寻机将其带走，就算是刘备有这个意思偷梁换柱，可是在全程注视的情况下是根本不可能的。
那么结论只能有一个：偷换孩子的人根本不是刘备，而是司马防……
从这开始刘社对“刘稷”的态度渐渐开始冷淡起来，他不再教授任何的知识给“刘稷”，在得知真相后的三个月后他便彻底的消失在了“刘稷”的面前，暂时由贾诩照顾他们。
担心刘协的存在会威胁到刘辩即位的何皇后和何进，一直在暗地里寻找着可以除掉刘协的机会，可是王美人的死给了刘宏很大的触动，为此他对刘协的保护超出了何进和何皇后所能下手的范围。就在他们为此而头疼不已的时候，何进忽然想到了刘协那玩伴兼书童的司马懿，正是之前刘宏十分忌惮的存在，于是他便打算在司马懿的身上做文章。
何进在私底下不断对汉灵帝刘宏说司马懿的长相和司马防差别太大，有可能是她妹妹司马悠然和刘社所生的野种，且利用董太后一直不满意刘宏的荒淫无道，有意另立新君为契机，制造刘宏和董太后刘协的矛盾。虽然刘宏并没有因此对刘协和董太后起疑，不过何进提及司马懿的事情倒是又勾起了他的司马防和司马懿的顾忌。
正当刘宏准备彻查这件事的时候，不知是谁将“永元遗芽”身处白波谷的消息散布开来，之后很多以前黄巾的旧部听说“圣皇”在白波谷后，以李乐、韩暹等人为首的小股力量纷纷聚集到了白波谷，形成了近十万余人的部落武装。
经过多番查证刘宏从地方官员呈上了奏本之中确认了这一事实，这下子刘宏和整个朝廷的注意力，再度从司马懿的身上转移到了白波谷的“刘稷”身上，司马懿因此幸运的避开了命悬一线的危机，然而好不容易安居几年的“刘稷”，却再度暴露于世人的目光之下。
所有人都不知道是谁将这个消息给捅了出来，但是白波谷的贾诩心里却十分明白，能够这么做的人和有足够的动机这么做的人，就只有他了。
事发一个月后刘社回到了白波谷，等待了许久的“刘稷”看到许久未见的父亲后显得十分激动，但是刘社的反应却很冷淡，他没有像以前一样将“刘稷”抱起来，而是仅仅只看了“刘稷”一眼便迅速将目光移到了贾诩的身上：
“这里很快就会失去安全性，你赶紧带着他们离开这里返回姑臧。”
贾诩知道刘社这么说的理由是什么，于是他并没有像郭淮、牛金等人一样追问原因，“刘稷”拉着刘社的衣角摇晃着说：“父亲，你要和我们一起去吗？”
并没有直接回答“刘稷”问题的刘社蹲下身子，伸手摸了摸“刘稷”的头顶：
“到了凉州之后要好好听文和伯伯的话……”
在刘社看来，司马防为了保护司马悠然的儿子，居然不惜让自己的儿子陷入危险的漂泊之中，而刘社为了保护自己的儿子虽然没有办法做到司马防那样，但是他在成功将朝廷的目光吸引到了白波谷后，保证“刘稷”的安全是必须要尽到的义务。
然而临行前贾诩和刘社深夜的谈话被碰巧经过的郭淮和“刘稷”听了个明明白白，当时刘稷本想在临走之前亲自做一碗汤送给自己的父亲，为此他还特地请与自己关系最好的郭淮帮助自己。但当他站在门口左手端着汤碗，即将伸出右手敲门的时候，听到了对他来说打击极大的事实。站在他身旁的郭淮看着“刘稷”那呆若木鸡的神情，似乎完全能够体会到他的痛苦，或许不断被利用对于年仅七岁的他来说早已习以为常，然而这次却完全不同……
他被自己从出生以来唯一能够从之身上感觉到亲情和温暖的“父亲”给出卖了，这种打击的巨大摧毁性是张角、于吉和刘备所无法比拟的。
得知了自己真实的身世后他开始觉得不甘心，为什么本该受父母兄长宠爱的自己，却要代替别人经受这种颠沛流离、朝不保夕的日子？司马防也好、刘社也好、张角、于吉和刘备他们都好，他们凭什么根据自己的意愿擅自改变自己的命运？
看着“刘稷”的神情颇为吓人，郭淮试着问道：
“接下来你有什么打算？是和贾诩一同去姑臧，还是回司马家……”
“回家？打从司马防将我抛弃的那一刻起我就已经没有家了……”
他一个人静静的坐在溪水边，手中端着的汤也早已冷却。
保持了固定的坐姿沉默了许久之后，他端着汤碗的手开始慢慢向左下方倾斜，汤水被倒进了河溪之中，当碗中的汤水一滴不剩的时候他将整个汤碗丢到了河溪里，转过身对郭淮说：
“我受够了被别人当做木偶随机摆弄的恶心生活，从今天开始我要为自己而活，我要让司马懿、让整个司马家、让整个天下陪着我一起痛苦！”
郭淮能够体谅他的心情，作为最早被段颍收养的孩子，他对段颍所抱有的感情是极为身后的，在他看来如果不是因为什么“永元遗芽”，段颍也不会在狱中自杀，段家也不会落得家破人亡的境地。所以他此时已经下定决心要陪着“刘稷”彻底将这罪魁祸首彻底铲除。
公元188年（中平五年）二月，“刘稷”等段家子弟跟随着贾诩一同前往姑臧避难，而刘社则留了下来煽动郭太在白波谷起义，所部人马近十万人号称白波军。
随着白波军在刘社的幕后指挥之下声势越来越大，朝廷几次派遣大军都没有是惨败而归。
公元189年五月，汉灵帝刘宏驾崩，他死前将写下遗诏将皇位传于刘协并交给了他自认为十分信任的蹇硕，然而蹇硕此时意识到了刘辩身后的何进和何皇后的势力更加强大，所以他与何进密谋矫诏改立刘辩为皇帝。
董太后得知后十分愤怒，她斥责蹇硕等宦官趋炎附势，并且为了让刘协即位和何皇后作出了激烈的斗争，可是势单力薄的董太后最终还是败下阵来，最终忧愤至死。
此时的刘协处境非常危险，董太后死后自己已经失去了最有利的屏障，此时年仅十岁的司马懿也看出了局势对刘协十分不利，为此他建议刘协主动向何皇后言明自己无意争夺皇位，并要求何皇后拿大量好玩有趣的物件来交换。
何皇后听了刘协的话后认为他不过是个不到十岁的孩子罢了，眼中只有玩乐，根本对刘辩和自己造不成任何的威胁，因此放松了对刘协的警惕，不仅打消了杀他的年头，反而在刘辩登基后敕封刘协为渤海王，后又转封为陈留王。
就在刘协打算和司马懿一同前往封地的时候，洛阳皇宫内突然又掀起了腥风血雨，大将军何进在杀掉蹇硕之后引起了宦官的恐慌，之后不久便被张让、段珪等十常侍密谋在宫廷杀死了何进并对外宣布其意图谋反，意图重新掌握朝政大权。
此时何进手下的司隶校尉袁绍、典军校尉曹操、虎贲中郎将袁术以及其他何进的旧部见此情形后难以容忍，于是率领兵马杀入了皇宫诛杀宦官两千余人，张让、段珪毫无还手之力只好挟持陈留王和少帝刘辩等少数随从逃离皇宫，司马懿也在其中。
等到卢植率领曹操和袁绍杀到德明殿的时候，看到皇宫之内已经没有了任何人的踪影，这时曹操注意到了地面上有扯散的竹简叶片丢在了地上，并且顺着一定的方向朝西而去。
这时曹操对卢植说：“尚书大人，我想恐怕张让挟持陛下和王爷向西逃窜了。”
卢植所想的问题不仅仅是陈留王和少帝的安全，更重要的是司马懿也在被劫持的随从之中，于是他当机立断率领人马沿着竹简的方向追了过去。
坐在马车内的司马懿手中握着被他硬生生扯断绳子的竹简，趁着张让和段珪等人不注意的时候悄悄时不时的丢下一片，直到逃窜至黄河边的小平津时已经是无路可退。
而此时的探马来报说董卓直到京师有变后已经率领五千西凉铁骑向这里进发，洛阳方面卢植率领的人马也自东向西追了过来，两面包围之下张让和段珪知道自己根本没有可以活下去的可能性，所以他们绝望的投入黄河自尽。
本来担心张让狗急跳墙的司马懿见此情形后总算是放下心来了，不过面对现在的情形司马懿凭直觉认为眼下两路兵马之中，应该尽量向东边的卢植靠拢。